circRNA过表达与干扰研究攻略_世界新动态

2023-04-28 18:21:31 来源:哔哩哔哩

circRNAs是一类不具有5'末端帽子和3'末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。circRNA具有闭合环状结构,区别于传统的线性RNA,大量存在于真核转录组中。大部分的circRNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性。

近年来有大量研究表明circRNA与疾病的发生发展相关,是目前研究热点之一。然而由于circRNA环状结构的特殊性,在构建过表达和干扰载体的过程中会遇到诸多难点。先来说过表达,circRNA过表达难点可总结为这三点:(1)成环效率低:使用不同的促成环框架序列(Alu元件或反向互补序列),对于不同基因的过表达效率可能有差异,序列偏长或偏短的circRNA成环效率可能会偏低。(2)成环准确率低:在插入的circRNA序列侧翼使用促成环框架序列,这样的载体过表达circRNA成环较容易,但不易在准确的AG-GT位点处剪切成环。(3)特殊情况:对于特殊序列来源或非AG-GT剪切环化模式的circRNA,使用现有的载体无法实现高效成环。

为解决以上难题,汉恒生物研发了一款高效成环过表达载体系统


(相关资料图)

图1汉恒HB circ-EnhancedTM circRNA环化系统

该成环系统有以下几个特点:

(1)人巨细胞病毒的CMV启动子可以高效表达目的circRNA;

(2)上下游成环元件Front circ-signal和Back circ-signal可以高效促使表达的circRNA环化;

(3)线性化的载体非常方便目的circRNA直接无缝克隆,极大降低无关序列参与成环的几率。

该载体可用来转染哺乳动物细胞,高效表达circRNA并促使其高效成环。同时,汉恒生物也可提供病毒包装服务,病毒载体见图2。

图2汉恒HB circ-EnhancedTM circRNA研究工具载体系统

接着来讲讲circRNA干扰。一般是针对circRNA的成环处设计多条siRNA序列,筛选可特异性干扰circRNA表达的序列,构建shRNA病毒载体并包装所需病毒。之所以针对成环处设计干扰序列,是因为这样可避免干扰到线性宿主基因,以确保后续实验过程中不会因线性化的宿主基因被错误干扰导致细胞功能的改变。

circRNA过表达和干扰,汉恒生物可提供以下服务:

(1)circRNA过表达和干扰质粒构建;

(2)circRNA过表达和干扰慢病毒,腺病毒,腺相关病毒包装;

(3)基于慢病毒技术的稳定细胞系构建服务;

(4)circRNA精确成环验证。

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